由于脾囊肿可逐渐增大，增大到一定程度容易发生破裂，危及生命，因此任何种类的脾囊肿原则上均应行手术治疗。以前全脾切除术是脾囊肿治疗的惟一选择。近年来考虑到保留脾脏对机体免疫功能的重要性，除了囊肿为感染性或位于脾门区之外，一般主张行部分脾切除或囊肿切除术，此术式对儿童病人尤有意义。

如脾脏与周围组织粘连重，囊肿为单房又合并化脓性感染时，可应用脾囊肿切开引流术;对体积巨大的单房脾囊肿，可先抽空其内容物后再行脾切除;对化脓性与包虫性囊肿，术中还应注意周围脏器，以免感染扩散。近年来，随着腹腔镜技术的发展，腹腔镜下脾脏切除、脾囊肿切除、脾囊肿开窗术等也成为脾囊肿治疗的重要选择。