盲袢综合征的治疗可分为外科治疗与内科治疗两部分。对小肠解剖结构上的异常，应尽可能通过手术予以纠正。如切除盲袢或狭窄部位，以消除小肠淤滞、解除发病的基础。若在毕氏Ⅱ手术后发生本病者，可将毕氏Ⅱ式手术改为Ⅰ式手术。

内科治疗包括抗生素治疗与支持治疗。本综合征的抗生素治疗极为重要，由于感染的细菌极为复杂，故抗生素的应用需有良好的设计。可根据病原菌培养的结果不断调节治疗方案以避免耐药菌株的形成。营养支持治疗极为重要，但肠粘膜因感染受损致吸收障碍，恢复过程颇为缓慢，必要时需由肠外途径给予补充。除糖、脂肪、蛋白质外各种维生素、铁剂、钙剂等皆应补充。

经保守治疗无效，改回结肠吻合的逆蠕动为顺蠕动。肠袢式吻合，可拆除后掉转方向缝合。如双端吻合，将近端回肠与结肠吻合口拆除，封闭结肠吻合口，在远端回肠与结肠吻合的远端5cm左右的结肠上行回结肠吻合。