由于这是一种功能性疾病，所以以前一直没有特效的治疗方法，医生主要用饮食疗法、体育锻炼、心理治疗或用一些对症治疗的药物。饮食疗法强调饮食要规律，避免吃辛辣及刺激性食物，少饮酒、咖啡、冷饮等，不吃可引起腹泻的食物，如牛奶、豆类及生冷食物，长期患病的人应该消除精神紧张。因为这毕竟不是一种恶性疾病，不要盲目追求药物治疗，对长期服药而疗效不好的病人，一定要消除对药物产生的依赖心理。

体育锻炼如散步、气功、太极拳等有助于增强体质，促进肠神经功能的恢复，药物治疗主要目的是消除或减轻腹痛、腹泻、便秘等症状，腹痛明显的患者可服用缓解肠蠕动药物，但青光眼、前列腺肥大及腹胀患者忌服用这类药物。对于腹泻症状，可选择抑制肠道分泌及平滑肌收缩的药物，但这类药物由于存在口干、便秘或嗜睡、乏力等副作用，不宜长期服用。