结肠过敏症的治疗，不能单纯依靠某种特定的中西药物来达到治愈的目的，结肠过敏症的治疗关健在于解决思想矛盾。当病情确诊以后，要向病人进行耐心细致的解释，说明本病的性质，发病机理，病程和预防，消除各种顾虑，提高治疗的信心，除因严重腹痛和泻泄给予短期休息外，一般可参加普通工作，并加强体育锻炼，增强体质，特别是要经常参加一些有益的文娱活动，以促进神经和内脏功能的调整和修复，生活上要有规律，饮食上以少、清、易消化食物为主，避免刺激性食物及味道浓烈的调味品，如辣椒、酒、芥末油等，不食生冷油腻食品，尽量少吸或不吸烟，有便秘者，鼓励进食多纤维的蔬菜、养成定时排便的规律，必要时加服一些药物对症治疗。

如果遇到精神紧张或恼怒、抑郁即发生腹痛、拉肚子并伴有胸闷胁胀、嗳气、少食者，可用痛泻要方合四逆散加减治疗，方药用党参、白术、云苓、白芍、防风、青皮、柴胡、枳实、甘草等水煎服，早晚一次，本方对肠道过敏症疗效较好，一般2～4剂即可控制症状。

有五更泻的病人伴有肚子发凉，腰膝酸软，四肢不温，舌淡苔白的人，属于脾肾阳虚症，治疗上要温补脾肾，用附子理中丸合四神丸加减治疗，方药选用党参、 破故纸、山药、诃子、赤石脂、甘草、肉桂等水煎服，每日2次。

另外，还可采用针灸治疗，如大肠俞、天枢、阳陵泉、上脘、神阙、关元、 足三里等。

也可用中药火罐，于肚脐窝处(相当于神阙穴)，隔一天或四天一次，适用于寒性腹泻。