柯萨奇病毒的最大特点为能使小白鼠致病，根据其乳鼠致病的不同，可分为A、B两大组。A组病毒至今已发现23个型（A1～24型，其中23型已归入埃可9型），此组病毒可使乳鼠发生广泛的骨骼肌肌炎和坏死，引起弛缓性瘫痪。但大多不易在组织培养中分离。B组病毒已发现6型（1～6型），可使乳鼠发生局灶性肌炎及棕色脂肪坏死、心肌炎、肝炎、脑炎、胰腺炎等，引起肢体震颤和强直性瘫痪，B组病毒可在组织培养中分离。

埃可病毒已发现31个型（1～34型，其中10、28、34型已归入其他病毒），只对人类有感染性，而对乳鼠不致病。猴肾或人肾细胞对埃可病毒很敏感，常用以分离病毒。自1986年以来又发现了免疫特异性与已知柯萨奇病毒及埃可病毒不同的新肠道病毒68～71型。肠道病毒各型之间一般无交叉免疫。仅少数型别之间有抗原性交叉。

病毒从咽部或肠道侵入，于局部粘膜或淋巴组织中繁殖，并由局部排出，此时可出现局部症状。继而病毒又侵入局部淋巴结，并由此进入血循环导致病毒血症（第一次病毒血症）。病毒可随血流带至全身各器官如中枢神经系统、皮肤粘膜、心脏、呼吸器官、肝、胰、肌肉等处，在该处进一步繁殖引起病变，并再次进入血循环，引起病毒血症（第二次病毒血症）。

不同病毒株具有组织亲嗜性不同，靶器官各异，引起不同系统病变。病理变化视所侵犯的器官及程度而不同。中枢神经系统病变和脊髓灰质炎相似，但一般较轻，以脑膜炎症为多见。脑炎患者有灶性单核细胞浸润及退行性变。柯萨奇B组病毒感染在新生儿常引起广泛病变，涉及脑、肝、心，以灶性坏死为主，伴淋巴细胞及中性粒细胞浸润。心肌炎患者常有间质瘀血及炎性细胞积聚，心肌纤维灶性坏死，细胞核固缩、破裂、心包炎性浸润等。肌肉可见严重细胞浸润或肌纤维坏死。