肠结核的治疗目的是消除症状、改善全身情况、促使病灶愈合及防治并发症。强调早期治疗，因为肠结核早期病变是可逆的。

休息与营养：休息与营养可加强患者的抵抗力，是治疗的基础。

抗结核药物：抗结核药物是本病治疗的关键。药物的选择、用法、疗程同肺结核。应严格遵守“早期、规则、联合、适量、全程”的治疗原则。强化期：异烟肼(H)300毫克每日一次、利福平(R) 600毫克每日一次、吡嗪酰胺( Z)500毫克，每日三次、链霉素(S) 750毫克或乙胺丁醇(E) 750～1000毫克，每日一次，共2～3月，必要时延长疗程。继续期：异烟肼、利福平，每日一次晨顿服。总疗程1～1.5年。如果疗效欠佳考虑耐药情况可应用二线抗结核药物。

对症处理和手术治疗： 腹痛可用颠茄、阿托品或其它抗胆碱药物。不完全性肠梗阻有时需行胃肠减压，并纠正水、电解质紊乱。有贫血及维生素缺乏症表现者，对症用药。手术治疗主要限于完全性肠梗阻，或部分性肠梗阻经内科治疗未见好转者，急性肠穿孔引起粪瘘经保守治疗未见改善者;大量肠道出血经积极抢救未能止血者。