一经疑似诊断应立即开始抗生素治疗，不必等待细菌培养结果。我国临床分离菌株约90%对青霉素G敏感。对于敏感菌株，青霉素G是首选药物。对无并发症的肺炎链球菌肺炎推荐给青霉素G 80万～240万U静脉注射，每4～6小时1次。轻症患者可口服青霉素V 250～500mg，每6小时1次。其他有效药物包括青霉素类如氨苄西林、阿莫西林，头孢菌素类如头孢唑林、头孢丙烯、头孢克洛、头孢噻肟、头孢曲松，新一代氟喹诺酮类如左氧氟沙星、司氟沙星(司帕沙星)、莫西沙星、加替沙星，以及红霉素、阿奇霉素和克林霉素等。口服头孢菌素和新氟喹诺酮类在门诊和部分地区已成为青霉素敏感菌株治疗的替换药物。抗菌药物疗程一般为5～7天，或在退热后3天停药。

国外已有20%～40%的肺炎链球菌对青霉素中度耐药或高度耐药(PRSP)。我国的耐药率尚低，中度耐药可采取加大青霉素剂量而获得有效治疗的方法。头孢丙烯、头孢噻肟、头孢曲松和新的氟喹诺酮类药物对大多数中度耐药菌株有效。

目前，青霉素高度耐药菌株在我国甚少为0～5%，这些菌株对其他许多抗生素也往往耐药。病原学治疗，应根据体外药敏试验。万古霉素对所有肺炎链球菌均有抗菌活性，可作为伴有青霉素高耐药菌株易感因素的重症患者的首选药物。

如疑有脑膜炎时，病人应给予头孢噻肟2g静脉注射，每4～6小时1次或头孢曲松1～2g静脉注射，每12小时1次，同时给予万古霉素1g静脉注射，每12小时1次，可加用利福平600mg/d口服，直至取得药敏结果。对脓胸病人，除给予抗生素外，治疗应包括局部引流。慢性包裹性脓胸应考虑外科肋间切开引流。

用适当抗菌药物后，高热一般在24h内消退，或数天逐渐下降。体温再升或3天后仍不退者，应考虑肺炎链球菌的肺外感染，如脓胸、心包炎或关节炎等。持续发热的其他原因还有混杂细菌感染，药物热或存在其他并存的疾患。有肿瘤或异物阻塞支气管时，肺炎虽在治疗后消散，但阻塞因素未除，仍可再度出现肺炎。

支持治疗包括卧床休息、补充液体及针对胸膜疼痛使用止痛剂。有发绀、明显缺氧、严重呼吸困难、循环紊乱或谵妄的病人应入ICU监护。监护期间要密切随访动脉血气，尤其是在COPD患者。

一般主张对35岁以上的病人要随访X线检查。胸部X线检查可能要在几周之后才能看到浸润消散，病情严重及有菌血症或原先已有慢性肺病的病人尤其如此。治疗开始后6周或6周以上仍然有浸润，应怀疑其他疾病如原发性支气管癌或结核之可能。