原发性：

原发性肺部感染不医治亦可自愈。原发性皮肤感染，可以切除或冰冻、激光治疗。

继发性

肺空洞或慢性肉芽肿可以手术切除，或应用氟康唑、酮康唑、两性霉素B等。

弥散性：

未经药物治疗的弥散性球孢子菌病常是致命的，如患有脑膜炎则预后尤其如此。在确诊后的1个月中，感染病人的死亡率超过70%，还不能确定治疗能否改变这一状况。

高补体结合滴度表示已发生播散，则需要治疗。轻、中度非脑膜肺外受累，应当用氟康唑≥400mg/d或伊曲康唑400mg/d治疗，严重病例最好用两性霉素B静脉注射，根据感染程度连续用药，直至总用药量达到1~3g。与伴有组织胞浆菌病一样，

对重症、播散型患者，综合治疗有助于改善病情可用转移因子(TF)等。

艾滋病伴有球孢子菌病

采取维持疗法以防止复发，200mg/d唑类药常是足够的，不能耐受唑类药的病人可用两性霉素B每周静脉注射。

粟粒样肺球孢子菌病

一经诊断，应立即用两性霉素B剂量快速达到每天0.4mg/kg以上，合并脑膜炎患者，如用两性霉素B治疗球孢子菌脑膜炎，需经皮下通道装置从脑池鞘膜下注射或脑室鞘内注射。氟康唑亦有一定疗效。脑膜球孢子菌病需长达多月乃至终生的治疗。球孢子菌骨髓炎可用外科手术切除受累骨骼。肺球孢子空洞持续6个月以上伴有反复咯血继发感染或高危患者(糖尿病)的症状性空洞，可行外科手术治疗。