治疗原则同其他革兰阴性杆菌肺炎，选用敏感抗生素，保持呼吸道通畅，纠正呼吸衰竭，保护心、肾、肝及大脑功能，积极治疗原发基础疾病和并发症，加强支持治疗。

1.抗生素治疗 抗生素治疗是摩根菌肺炎治疗的关键。但近10年来，摩根菌耐药株不断增加。已发现本菌对常用的庆大霉素、妥布霉素、头孢西丁(噻吩甲氧头孢菌素)、羧苄四唑头孢菌素、羧苄西林、替卡西林、多黏菌素及氯霉素均有耐药现象。摩根菌可产生诱导型β-内酰胺酶，且由染色体上一组AmP基因介导，因而耐药率高且广泛。第3代头孢菌素和喹诺酮类抗生素对本菌有强大抗菌活性。常用的药物有：氨曲南(aztreonam)1.0～2.0g/次，静注，2～3次/d;头孢米诺钠(cefminox sodium)2.0～6.0g/d，分2～3次静滴;头孢去甲噻胺(ceftizixime)4.0～10.0g/d，分2～4次静滴;头孢尼西1.0～2.0g/d，分1～2次，静注;头孢曲松1.0～2.0g/次，静注，1～2次/d;头孢他啶1.0～2.0g/次，静注，2～3次/d。环丙沙星200～400mg/次，静滴，2次/d;头孢哌酮(cefoperazone sodium)2.0～6.0g/d，分2次静注。

近年来应用广谱青霉素加β-内酰胺酶抑制剂治疗耐药摩根菌，常用的有：复方替卡西林9.6g/d，分3次静滴;也可用亚胺培南(伊米配能)2.0～3.0g/d，分3次静滴。为了提高抗生素治疗效果，临床上选用抗生素应注意以下几点：①询问病人的抗生素应用史，及了解有无耐药现象。②以药敏为依据选用敏感抗生素，经验性治疗宜用第3代头孢菌素或喹诺酮类抗生素，必要时可联合阿米卡星。③疗程宜长，剂量要足，特别是医院获得性感染性者，通常3～4周。④定期查痰细菌与药敏，以便调整抗生素。

2.保持呼吸道通畅，纠正缺氧，保护心、肝、肾及肺功能 应用扩张支气管药物、祛痰剂，鼓励病人咳嗽、排痰、吸氧、纠正缺O2，防止心、肝、肾功能损害。

3.加强原发病和并发症及营养支持治疗 积极治疗原发病，并发症，加强营养支持治疗，可适当用新鲜血浆，人血白蛋白、人血丙种球蛋白，粒细胞输注，补足病人所需热量。