以前常用戊烷脒（pentamidine isothionate）100～150mg/（m2·d）或4～5mg/（kg·d），肌注10～14天。亦可气雾吸入，早期应用此药，至少60%患儿可以治愈，但约半数患儿可出现较重的不良副作用如局部发生无菌性脓肿、皮疹、低血压、恶心、呕吐、眩晕、低血糖、低血钙、巨幼红细胞性贫血、血小板减少、中性粒细胞减少及肝肾功能损害等。

目前，首选药物为甲氧苄胺嘧啶（TMP）20mg/（kg·d）加磺胺甲基异噁唑（SMZ）100mg/（kg·d），分2次服，连服2周，其疗效与戊烷脒相仿，但不良副作用远较少见，表现为皮肤过敏与胃肠道反应。亦有主张SMZCo100mg/（kg·d）2周，后减为半量再用二周，后再减为1/4量连用2月，有效率达75%，此药可作为化学预防剂，在应用免疫抑制剂的高危患儿中预防此病，其剂量为TMP5mg/（kg·d）和SMZ25mg/（kg·d），皆分2次口服或每周连服3天，停4天，连用6个月。　

支持疗法包括肌注丙种球蛋白或胎盘球蛋白，可以增强免疫力。必要时吸氧。如在应用肾上腺皮质激素的过程中发生此病，则需减量或停药。为预防此病在高危患儿中交叉感染，最近主张执行呼吸道隔离，直至治疗结束。