多重肺部感染治疗的基本要点是针对各病原体采用抗微生物化疗药物联合，困难在于病原体诊断缺乏或不确切。如果考虑复数菌感染，则应用两种抗生素联合，怀疑厌氧菌对联合具有抗厌氧菌作用的药物(青霉素、林可霉素、甲硝唑等)作为经验性治疗一般是可以接受的。重症社区获得性肺炎经验性治疗要求覆盖军团菌和耐青霉素肺炎链球菌;重症医院获得性肺炎经验性治疗要求覆盖多耐药革兰阴性杆菌如铜绿假单胞菌、不动杆菌和耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)等，在这些情况下，广谱联合治疗方案，虽然在一定意义上是基于此类重症感染有可能为多重感染，但主要是为防止覆盖面过窄而遗漏主要病原体，避免最初经验性治疗不力，影响预后。

至于特殊病原体，倘无病原体诊断就采取经验性治疗是不可取的。临床上颇多流行的一种用药方法，即在重症感染应用广谱抗生素特别是联合类固醇激素时，最初经验性治疗方案便加用抗真菌药物作为预防性化疗，目前缺乏足够的支持证据。结核病未确诊或确诊结核病经抗结核治疗效果不佳，有些医生习惯应用抗结核药物和抗菌药物联合，或者加用喹诺酮类，认为后者既有抗菌作用，又可治疗结核病，导致喹诺酮滥用，可以视为是目前治疗上的一大误区。所以多重感染抗菌治疗的基础是病原学诊断，方法是联合用药。